A estrutura organizacional é o molde legal que define como se darão as relações entre os cooperadores bem como as relações institucionais da cooperativa com os diversos atores da sociedade: outras cooperativas, empresas privadas, poder público, instituições públicas etc.
No Brasil é a lei 5.764 de 16 de dezembro de 1971 que rege o cooperativismo, diz o que são as cooperativas, como devem ser formadas e liquidadas, a quem servem, como devem ser estruturadas etc.
No Capítulo IX ? Dos Órgãos Sociais, que as cooperativas devem ter Assembléias Gerais, distingue dentre estas as Ordinárias e as Extraordinárias, além do Conselho de Administração ou Diretoria e do Conselho Fiscal.

Assembléias e Reuniões

Quanto às Assembléias Gerais, a lei explica, entre outros, ser este o órgão supremo da sociedade cooperativa, dentro dos limites das leis e do estatuto da cooperativa, podendo deliberar sobre a cooperativa e os negócios desta.
Recorda ainda que tais deliberações vinculam a todos, em termos de responsabilidades e direitos, ainda que ausentes ou discordantes.
É importante notar que a Assembléia Geral é a reunião dos cooperadores para deliberarem juntos, através de procedimentos democráticos onde cada pessoa tem direito a debater, colocar propostas e a um voto, sobre quaisquer questões que os cooperadores julgarem relevantes.
É a Assembléia Geral, Ordinária ou Extraordinária, que garante legalmente a democracia interna de uma cooperativa.
A lei define como Ordinárias as Assembléias Gerais que ocorrem obrigatoriamente nos primeiros três meses após o término do exercício social (em geral, devem ocorrer até 31 de março), onde o Conselho de Administração deve, entre outras coisas, relatar sobre a gestão, apresentar o balanço e o demonstrativo das sobras ou perdas apuradas, além do parecer do Conselho Fiscal.
Como Extraordinárias a lei define àquelas Assembléias Gerais que ocorrem sempre que necessário, podendo deliberar sobre quaisquer interesses da sociedade mas que tem por exclusiva competência deliberar sobre reformas no estatuto, fusão, incorporação ou desmembramento, mudança no objeto da sociedade, dissolução voluntária da sociedade e sobre a nomeação e as contas do liquidante.

Conselhos de Administração e Fiscal

Quanto ao Conselho de Administração ou Diretoria, a lei determina que sejam eleitos, dentre os cooperadores, os administradores pela Assembléia Geral, com mandato nunca superior a quatro anos e com a renovação obrigatória de no mínimo 1/3 (um terço) por eleição.
A lei não faz menção ao número de componentes no conselho nem às funções destes, porém, geralmente participam 3 (três) membros efetivos e 1 (um) vogal. Estes membros podem ser designados como coordenador geral, administrativo e financeiro, ou conforme a necessidade de cada cooperativa.
O Conselho de Administração é responsável pela execução das atividades-meio da cooperativa, tais como as administrações financeira e do fundo de reserva, negociação de contratos, divulgação de produtos e/ou serviços, negociações de compra: de matérias primas, materiais de apoio etc., das negociações de venda de produtos e/ou serviços etc. Ser responsável, entretanto, não significa que não possa requisita outros cooperados para tais atividades, pode e deve.
Quanto ao Conselho Fiscal, é responsável por fiscalizar a administração em suas ações e contratos, a lei determina que seja composto pela eleição, dentre os cooperadores, de 3 (três) membros efetivos mais 3 (três) suplentes, com a possibilidade de reeleição de apenas 1/3 (um terço) dos componentes.
Segundo a lei 5764-71, seriam necessárias 20 pessoas para constituir uma cooperativa, entretanto, pelo novo código civil (2002), uma cooperativa pode ser constituída com 7 pessoas, que é o número mínimo necessário para preencher as vagas dos conselhos, 1 (um) no Conselho Administrativo e 6 (seis) no Conselho Fiscal.
Entretanto, para evitar que uma pessoa fique sozinha no Conselho de Administração (que concentra muito poder), recomenda-se um número mínimo de 10 (dez) pessoas, 3 (três) no Administrativo e 6 (seis) no Fiscal.

Fundos Obrigatórios

A estrutura das cooperativas inclui ainda dois fundos obrigatórios: o Fundo de Reserva, que recebe 10% das sobras líquidas do exercício social, e o Fundo de Assistência Técnica, Educacional e Social (FATES), que recebe 5% das mesmas sobras líquidas. Estes fundos são chamados de indivisíveis, pois pertencem à cooperativa, não aos cooperados.
Quotas Partes e Capital Social
As quotas partes são a propriedade individual (privada) de cada cooperado sobre a cooperativa. Apesar “da cooperativa” não ser propriedade privada, as quotas partes são. A cooperativa não é propriedade privada, pois não pode ser vendida nem comprada, já que as quotas partes não podem ser comercializadas a terceiros, mas apenas aos cooperados. A lei ainda põe um limite em que um cooperado pode ter no máximo 1/3 das quotas partes da cooperativa.
O conjunto das quotas partes constitui o capital social da cooperativa, que garante a responsabilidade empresarial desta no mercada. O capital social é também chamado de Fundo Divisível, pois é de propriedade dos cooperados. No balanço patrimonial da cooperativa, por exemplo, o capital social é um passivo, ou seja, é uma dívida da cooperativa com os cooperados. Para que a cooperativa possa pagar esta dívida, o resto de seu patrimônio, os ativos, deve ser igual ou maior que o valor do capital social.
Nas cooperativas de produção e de comercialização, que vão adquirindo patrimônio conforme vão crescendo, as quotas partes podem ser anualmente ajustadas ao valor do patrimônio (até o limite de 12% de valorização anual). Estes ajuste e valorização possibilitam que os trabalhadores acumulem um patrimônio individual ao longo dos anos de trabalho na cooperativa. As quotas partes, neste caso, funcionam como uma espécie de FGTS.
Apesar da recomendação geral de que todos tenham o mesmo valor de quota parte, esta é uma boa política apenas inicialmente, durante a constituição da cooperativa, mas não a longo prazo. Não podemos esquecer que as quotas partes são dos cooperados e que eles têm o direito de se desfazer delas (devolvendo-as à cooperativa ou vendendo-as a outros cooperados). Uma política mais sustentável no longo prazo é a aquisição gradual de quotas partes, em que cada novo cooperado entra na cooperativa com o número mínimo de quotas definido no estatuto e vai adquirindo mais quotas ao longo dos anos, conforme o crescimento do patrimônio da cooperativa.

A Estrutura Organizacional Facultativa

Além destes Órgãos previstos e obrigatórios, a lei permite a criação de outros conforme as necessidades da cooperativa, entre os mais freqüentes e necessários estão a Reunião de Decisão, a Reunião da Coordenação e o Conselho Social.
A Reunião de Decisão tem o caráter de deliberar sobre as ações cotidianas da cooperativa, funcionando como um órgão consultivo das aspirações e necessidades dos cooperadores, auxiliando o Conselho de Administração e evitando que este delibere autonomamente.
Todos o cooperadores podem participar das reuniões e cada cooperativa deve estabelecer um quorum mínimo para que elas aconteçam, além disto é importante que a pauta das reuniões seja decidida e divulgada com bastante antecedência e que a periodicidade das reuniões seja semanal ou quinzenal, para que efetivamente deliberem sobre o cotidiano da cooperativa.
A Reunião da Coordenação é utilizada por cooperativas que têm diversos setores (e coordenadores por setor), serve para facilitar o fluxo de informações entre os setores e destes com os conselhos. Tem caráter consultivo, não deliberativo e, geralmente, são semanais.
O Conselho Social pode ser composto nos mesmos moldes do Conselho de Administração (3 efetivos e 1 vogal), sendo responsável, dentre outras atribuições que cada cooperativa pode definir, pelas seguintes ações sociais:

• apoio aos cooperadores, através de compras coletivas, apoio jurídico, seguros diversos, crédito direto aos cooperados, formação e qualificação profissional, ou seja, deve levantar e verificar as possibilidade de atender as necessidades dos cooperadores;
• mediação de conflitos entre cooperados e negociações dos interesses destes com o Conselho de Administração, quando necessário;
• apoio à comunidade, através da organização social da comunidade, sistematização das demandas comunitárias, apoio às reivindicações e manifestações desta etc.

Fundos Facultativos

Além destes fundos as cooperativas podem criar outros, por exemplo: Fundo de Benefícios Sociais para férias, 13ª retirada, afastamento por motivos de força maior, gravidez, etc.